La LOLR tras haber enunciado los derechos en cuanto a la materia religiosa, enuncia en su art.
2.1d derechos de titularidad individual, pero de ejercicio colectivo, d) Reunirse o manifestarse o asociarse públicamente con fines religiosos y asociarse para desarrollar comunitariamente sus actividades religiosas de conformidad con el ordenamiento jurídico general y lo establecido en la presente Ley Orgánica. En cuanto a la reuníón y manifestación no observamos ninguna especialidad, sin embargo, sí las apreciamos en las asociaciones religiosas conjunto al régimen común.
El régimen común de libertad de asociación se encuentra en el Art. 20 de la CE, donde se recogen diversas garantías mínimas. En su art. 22.3 concretamos que todas las asociaciones creadas al amparo de este artículo se inscribirán en un registro público a los solos efectos de publicidad, lo que hace es imponer a las asociaciones la carga de la inscripción registral. El TC afirma que la libertad de asociación no es plena hasta la verificación de la inscripción en el registro. El artículo al decir “A los solos efectos de la publicidad” impone un límite a la administración, el encargado del registro solo está encargado para realizar una verificación formal sobre el cumplimiento de los requisitos legales en los estatutos de la asociación, no puede establecer un control material de sus fines.Un primer problema lo encontramos en la definición de la religión por parte de un Estado aconfesional, cosa que para muchos autores como Iván Iban resulta incongruente al no poder entrometerse en materia religiosa, siendo un regalismo. Por el contrario, otra parte entiende que el problema se encuentra en la Constitución en el art. 16.3 al tener en cuenta los poderes públicos las creencias religiosas, obligando al Estado a pronunciarse sobre esta materia. Otro problema lo encontramos en la verificación de los fines religiosos por parte de la administración, ya que se trata de una calificación material (A diferencia del régimen común donde solo es formal). En el reglamento del registro de entidades religiosas se afirma que la inscripción solo podrá denegarse cuando no se acrediten debidamente los requisitos legalmente exigidos.Como conclusión obtenemos que para la regulación de las confesiones religiosas están afectadas tanto por el art. 16 de la CE como por el art. 22 en aquello que no ha sido modificado por el art. 16. Como resultado de estas confesiones tiene lugar la STC 46/2001, la cual viene a decir que las confesiones religiosas no son asociaciones que estén completamente al amparo del art. 22 (Lo que da a pensar que puedan estar sometidas a un control), aunque el encargado del registro no puede realizar un control material de los fines de esta confesión religiosa. A continuación concede al administrador un cierto control material para verificar que dichos fines son efectivamente religiosos según el art. 3.2 de la LOLR.
La misma sentencia respecto al control del orden público que como ya sabemos es represivo, afirma la posibilidad de realizar un excepcional control preventivo en las entidades religiosas.
La LODA califica como asociaciones de relevancia constitucional a las entidades religiosas en su exposición de motivos y de igual manera en la disposición final segunda contiene una cláusula de supletoriedad, la cual dice que salvo en aquellos preceptos que tienen carácter orgánico, esta ley será de aplicación supletoria respecto de aquellas asociaciones dotadas de una legislación especial. Estando por lo tanto sujeta al art. 22 sobre las asociaciones, volviendo a desaparecer el control sobre los fines de esta, siendo una antinomia.
En la LODA art. 1 afirma que quedan excluidas del ámbito de aplicación de esta ley aquellas asociaciones sometidas a una legislación especial.
6.2. Posición jurídica de la Iglesia Católica y de las demás confesiones
Nuestro Derecho parte de un concepto común en la categoría jurídica de confesión religiosa, pero establece una dualidad asimétrica en el tratamiento jurídico de la Iglesia Católica y de las demás confesiones. Se evidencia:1. En primer lugar la mención especial en el artículo 16.3 al notificar su arraigo.2. A continuación el reconocimiento de la personalidad jurídica internacional a la Iglesia y no al resto de confesiones.3. En tercer lugar destacamos el régimen jurídico y el reconocimiento de su personalidad jurídica civil a la Iglesia Católica (Derecho eclesiástico del Estado) que se rige principalmente por los acuerdos suscritos con la Santa Sede a diferencia del resto de confesiones regido por la LOLR.
6.3 Personalidad jurídica de las entidades religiosasla personalidad jurídica civil la adquieren las confesiones religiosas mediante su inscripción en el Registro de Entidades Religiosas. Partiendo de este punto, es preciso establecer una diferencia entre las restantes confesiones que se rigen por la Ley Orgánica de Libertad Religiosa y el reglamento del registro, en el caso de la Iglesia Católica sin embargo goza en esta materia de una serie de especialidades normativas provenientes del acuerdo sobre asuntos jurídicos del 3 Enero 1979 con la Santa Sede. Entre estas especialidades diferenciamos:1. A la Iglesia Católica, la Santa Sede se le reconoce directamente Ope legis (Por obra de la ley, en la CE) su personalidad jurídica civil internacional.2. A las entidades orgánicas de la Iglesia se le reconoce la personalidad jurídica civil mediante su notificación al ministerio de justicia, sin necesidad de inscripción en el registro de entidades religiosas.3. Son igualmente reconocidas todas las entidades religiosas católicas que ya gozaban de personalidad jurídica civil a la a la entrada en vigor de la LOLR contemplado en la disposición transitoria. En cuanto al régimen común vemos que afecta al resto de supuestos de la Iglesia así como a las confesiones minoritarias.1. La personalidad jurídica civil se adquiere mediante la inscripción en el registro civil de:a. Las iglesias, confesiones y comunidades religiosas.B. Los institutos de vida consagrada y asimilados de vida apostólica, hay una influencia canónica. c. Asociaciones religiosas, canónicas o no, y fundaciones religiosas. D. Federaciones de Iglesias, confesiones y comunidades religiosas y sus entidades.